Cynhaliwyd Marathon Eryri cyntaf  (a elwid bryd hynny yn Snowdonia Marathon) ym 1982 ac roedd yn syniad dyn lleol, Ken Jones. Yn dilyn llwyddiant Marathon cyntaf Llundain y flwyddyn cynt, roedd yn credu o ddifrif y gallai rhywbeth tebyg weithio yma yn Eryri. Gweithiodd yn agos gyda John Disley a Chris Brasher (cyd-sylfaenwyr Marathon Llundain) a chyflwynodd ras a fyddai'n dod yn ddigwyddiad eiconig ar y calendr rhedeg. Trefnodd Ken y ras eto ym 1983 cyn trosglwyddo'r awenau i'r Ymddiriedolaeth Genedlaethol ym 1984.

​

Parhaodd yr Ymddiriedolaeth fel trefnwyr tan 2007 pan ganfuwyd nad oedd ganddynt yr adnoddau mwyach i gefnogi'r digwyddiad ac roedd yn edrych fel pe bai'n rhaid iddo ddod I ben.

I'r perwyl hwn, ffurfiwyd Marathon Eryri Cyf gan aelodau o'r gymuned leol a'i gofrestru fel cwmni di-elw. Mae unrhyw arian a godir gan y digwyddiad nawr yn mynd yn syth yn ôl i'r gymuned trwy roddion. Defnyddir rhywfaint o arian i helpu i sicrhau cynaliadwyedd y digwyddiad.

 

O'r cychwyn cyntaf, roedd y mudiad newydd yn benderfynol y byddai'r ras yn codi cymaint o arian â phosib a gwelwyd £11,000 yn mynd at achosion lleol yn 2007. Mae dros £40,000 wedi cael ei roi i sefydliadau ac achosion lleol yn y 10 mlynedd diwethaf.

 

Mae'r arian wedi cael ei ddefnyddio mewn amrywiaeth o ffyrdd o adeiladu wal ddringo yn ysgol gynradd Llanberis, i waith cadwraeth, cit chwaraeon i dimau lleol, i helpu i ariannu teithiau i grwpiau gwirfoddol yng Ngwynedd.

 

Yn 2011, etholwyd Marathon Eryri eto fel y Marathon Gorau yn y DU gyda’r llwyddiant yn cael ei gredydu i’r golygfeydd prydferth, y rhedwyr sy’n trefnu’r ras a lletygarwch y bobl leol.

 

Yn 2023 daeth Snowdonia Marathon i'w hadnabod fel Marathon Eryri, ac yn 2026 bydd bron i 3000 o gystadleuwyr yn rhedeg gan godi £1,000,000 at elusennau.